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Sommaire
Aiguillage général

Hiérarchie supérieure des types de milieux en France
Comparaison des mésotypes deux à deux
Comparaison des sept mésotypes distincts

Classification socioécologique des relevés

Les niveaux supérieurs de la hiérarchie

septembre 2009

La classification socioécologique des relevés est la suite logique à la classification socioécologique des plantes. Ces deux classifications utilisent le même tableau des fidélités des plantes aux plantes qui définit le comportement socioécologique des plantes et constitue en quelque sorte le cerveau de la banque SOPHY.

Ces comportements socioécologique sont utilisés pour transformer la liste floristique du relevé en un « échantillon de milieu », et minimiser voire faire disparaître les défauts inhérents à ces listes floristiques. Ainsi, un relevé riche et un relevé pauvre ayant tous deux le même type de caractérisation (actuellement à 7895 fidélités moyennes) peuvent être comparés ; de même pour deux relevés n’ayant aucune plantes en commun ou encore des relevés effectués par des auteurs différents avec des précisions floristiques variables.

La philosophie de la transformation d’un relevé floristique en un échantillon de milieu est présentée à la rubrique « changement de paradigme en écologie végétale ».

Le but que nous nous proposons à travers cette classification est de montrer en premier lieu les niveaux supérieurs de la hiérarchie socioécologique puis, ultérieurement, réaliser des classifications faisant apparaître tout le détail des relevés initiaux.

Données

Les données utilisées dans cet essai sont pratiquement les mêmes que celles utilisées pour la classification socioécologique des plantes, aux apports de nouveaux relevés près (environ 1500). Pour les calculs, ces données sont de deux types : les données phytosociologiques proprement dites (tableaux et relevés phytosociologiques), et les données géographiques de la localisation des relevés (au total 175.000 relevés sont localisés). Pour la gestion des résultats s’ajoutent essentiellement les données nomenclaturales (noms latins des plantes).

Méthodes

La classification de 175.000 relevés pose un réel problème technique car elle repose sur la comparaison de tous les relevés deux à deux, soit n _* (n-1) / 2 écarts entre les n objets à classer. Les temps de calculs pour réaliser ces comparaisons deviennent vite redhibitoires.

Pour contourner cette difficulté, nous devons réduire le nombre d’objets à classer aux alentours de 10.000, ce qui en l’état actuel de la technique permet de réaliser une classification en 4 ou 5 heures, durée parfaitement acceptable.

Cette réduction peut être réalisée de différentes façons, mais toutes se ramènent à obtenir des « noyaux » de relevés aussi homogènes que possible. Deux familles de procédés sont concevables : le premier procédé choisi des relevés repères et affecte chaque relevé au repère dont il est le plus proche ; le second procédé détermine des quadrats géographiques et classe les relevés qui s’y trouvent. C’est cette seconde approche que nous avons utilisée pour sa rapidité et pour le but que nous nous sommes fixés : montrer les niveaux supérieurs de la hiérarchie socioécologique.

Détermination des noyaux de relevés

Deux étapes sont réalisées. La première consiste à classer les relevés contenus dans des quadrats géographiques contenant 1000 relevés. Ceci implique que tous les relevés doivent être localisés et conséquemment, que la taille des quadrats varie en fonction de l’échantillonnage géographique. Sur ces relevés est appliquée une classification ascendante hiérarchique produisant une liste d’agrégations de relevés. Toutes les agrégations ayant un effectif inférieur à un seuil sont retenues : ce seuil est fixé arbitrairement à 20. Ce sont ces agrégations qui constituent les noyaux primaires : il y en a 18.000.

La seconde étape consiste à regrouper ces noyaux, en utilisant des quadrats de plus grande taille et le même type de classification. Un nouveau seuil d’effectif contribue à déterminer le nombre final de noyaux : il y en a 3945.

Classification

Le type de classification utilisé est une classification ascendante hiérarchique (WPGM). Elle est appliquée aux 3945 noyaux caractérisés par leurs 7895 fidélités moyennes. Elle aboutit à une liste d’agrégations caractérisées par les numéros des deux objets (noyaux) qui s’agrègent, leur écart, le type d’agrégation (« création », « fusion », « addition »), ainsi que leurs effectifs.

Résultats

Différents programmes de gestion sont mis en œuvre pour produire le dendrogramme complet, pour le découper à différents niveaux, caractériser les groupes, les localiser sur des cartons géographiques, établir la liste des plantes discriminantes ainsi que la liste des plantes du groupe etc.

Ces divers renseignements sont utilisés pour interpréter les résultats c’est-à-dire, dénommer et décrire chaque groupe que l’on appelle désormais des mésotypes (type de milieu).

Les différentes formes de présentation des résultats

1°) Chaque mésotype fait l’objet d’une fiche de présentation distincte comportant son numéro, son implantation géographique, sa gamme altitudinale, la liste des plantes discriminantes.

2°) Comparaison des mésotypes jumeaux c’est-à-dire ceux issus de la division de leur mésotype hiérarchiquement supérieur, afin de souligner leurs similitudes et leurs différences. Chaque comparaison comporte les mêmes informations que les fiches mais les plantes discriminantes sont réparties en deux lots, celles qui diffèrent dans l’un ou l’autre mésotype et celles qui différencient quantitativement un mésotype de l’autre.

3°) Les sept mésotypes distincts n’ayant aucune plantes discriminantes communes avec leur mésotype jumeau. Chaque mésotype comporte sa localisation et ses plantes discriminantes.

4°) L’appartenance d’une plante à un mésotype, qu’elle soit dans le mésotype ou simplement discriminante.

Prochaine étape

Elle consistera à préciser les résultats précédents en classant directement les relevés, extraits par grappes de mésotypes. Le fichier des noms des syntaxons attribués à chaque relevé par leurs auteurs permettra de contrôler à la fois la validité de nos hypothèses concernant la caractérisation des milieux des relevés et la méthode de classification utilisée. Accessoirement elle montrera la fiabilité des identifications syntaxonomiques.

Son but final sera atteint lorsque de nouveaux relevés pourront être instantanément attribués à un mésotype, éventuellement à son correspondant phytosociologique.